Hola Gabriel,
Aunque algo tarde, me sumo a aportar con comentarios, ya que no pasate la informacion de referencia del modelo de datos que manejas, te sugiero un modelo de referencia que te podria ayudar.
TablaEmpresa (1....*) TablaUsuarios (1...*) TablaNegocio, con columnas y datos de referencia.
TablaEmpresa
codigo descripcion
e001 empresa 1
e002 empresa 2
TablaUsuarios
codigo nombre empresa
u001 pepito e001
u002 carlitos e002
TablaNegocio
empresa dato1
u001 info A de la empresa 1
u001 info B de la empresa 1
u002 info C de la empresa 2
u002 info D de la empresa 2
Con un select y un par de inner join obtienes los registros de la tabla TablaNegocio del usuario autenticado y si a la tabla TablaUsuarios le agregas un par de registros que asocien al usuario administrador del sistema con las N empresas que se manejen, este podra ver la info de las empresas que se manejen, la tabla quedaria asi:
TablaUsuarios
Codigo nombre empresa
u001 pepito e001
u002 carlitos e002
u003 admin e001
u004 admin e002
Espero esto te ayude y comentes como te fue.
Saludos.